Zespół Muzyki Dawnej Perfugium założony został w 1997 r. przez grupę młodzieży śpiewającą w scholi dominikańskiego duszpasterstwa szkół średnich Przystań w Krakowie. Słowo perfugium pochodzi z języka łacińskiego i oznacza właśnie przystań, schronienie, ucieczkę.

Bezpośrednim bodźcem do powstania zespołu była chęć udziału w ogólnopolskim konkursie kolęd i pastorałek. Dziewięć osób przez półtora miesiąca przygotowało wymagany program i przebrnąwszy przez eliminacje w Krakowie dotarło do finału, który odbywał się w Będzinie.

Po powrocie z konkursu zespół postanowił kontynuować wspólną pracę. Jako trzon scholi w duszpasterstwie Przystań animował śpiew na tzw. "Dziewiętnastkach", mszach świętych dla młodzieży w Bazylice Ojców Dominikanów, aż do roku 1999. Wtedy to większość członków zespołu opuściła duszpasterstwo z racji ukończenia szkoły średniej. W tym czasie Perfugium wzięło dwukrotnie udział w charytatywnym koncercie u boku krakowskiego poety i pieśniarza Leszka Długosza.

Bezpośrednio po opuszczeniu Przystani na prośbę dominikanina, o. Grzegorza Chrzanowskiego, Perfugium przeniosło się do małego, gotyckiego kościoła św. Idziego pod Wawelem i tam przez dwa następne lata regularnie śpiewało na mszach świętych, brało udział w przygotowaniu pierwszego, historycznego odpustu ku czci św. Idziego. Wtedy też zrodził się pomysł przygotowywania koncertów związanych treścią z okresami liturgicznymi roku kalendarzowego. Zaowocował on wykonaniem dwóch programów, które były połączeniem muzyki - polskich renesansowych i tradycyjnych pieśni pasyjnych, oraz słowa – czytania wybrane z brewiarza i pism Ojców Kościoła. Kolejny rok to powrót do Bazyliki Dominikanów i animacja śpiewu na coniedzielnych mszach o 20:15, celebrowanych przez ówczesnego przeora klasztoru, o. Jakuba Kruczka.

We wrześniu 2002 roku zespół postanowił zmienić profil swojej pracy. Rozszerzając działalność koncertową, rozpoczął intensywną pracę przy kościele św. Marka w Krakowie, korzystając z gościny udzielonej przez księdza rektora Piotra Andryszczaka. Od tego momentu Perfugium regularnie przygotowuje programy koncertowe.

Oprócz działalności koncertowej Perfugium stara się nadal służyć swoim śpiewem podczas liturgii mszy świętej. Zespół dwukrotnie śpiewał w Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach podczas obchodów Tygodnia Misyjnego oraz podczas piątkowej mszy transmitowanej przez TV Kraków. Wziął również udział w uroczystej liturgii sprawowanej przez metropolitę krakowskiego ks. kardynała Franciszka Macharskiego w katedrze na Wawelu, w pierwszą rocznicę kanonizacji Matki Urszuli Ledóchowskiej, założycielki Zgromadzenia Sióstr Urszulanek SJK. Perfugium śpiewało również w kościele Opactwa Benedyktynów w Tyńcu, podczas odpustu w dniu św. Stanisława w Pustelni Błogosławionej Salomei w podkrakowskim Grodzisku, a także podczas Mszy św. z okazji 65-lecia powstania Instytutu Ekspertyz Sądowych w kościele Pijarów w Krakowie. Podczas tej uroczystości zostały przekazane dowody zbrodni popełnionej na Ks. Jerzym Popiełuszce do muzeum, które powstało w rodzinnej miejscowości męczennika. Zespół śpiewał również w Niedzielę Palmową w Lipnicy Murowanej, gdzie odbywa się znany w całej Polsce konkurs Palm Wielkanocnych. Od kilku lat Perfugium towarzyszy krakowskim obchodom Dni Islamu i Dni Judaizmu, zainicjowanych przez Papieża Jana Pawła II. Zespół wielokrotnie uczestniczył również w uroczystych sesjach Rady Stołecznego Królewskiego Miasta Krakowa. Na swoim koncie ma też koncerty w Warszawie, w Piasecznie pod Warszawą, w Ilży, w Jarosławiu, w Gdańsku, w Pniewach, w Korzkwi, w Poznaniu, we Wrocławiu. Perfugium brało udział w licznych koncertach charytatywnych na rzecz hospicjów, wzięło udział w projekcie dla Kliniki Kardiochirurgii Dziecięcej, koncertując w Krakowskiej Operze. Zespół śpiewał też na Festiwalu Pierogów św. Jacka w Krakowie, dwukrotnie przygotował cykl koncertów wakacyjnych, występował w ramach Wieczorów Salwatorskich i koncertów organizowanych przez Polskie Towarzystwo Bachowskie. Chcąc dzielić się swoim doświadczeniem śpiewu w kościele, członkowie "Perfugium" biorą również udział w organizacji i prowadzeniu warsztatów muzyki liturgicznej oraz współpracują z Dominikańskim Ośrodkiem Liturgicznym.

Ważnym osiągnięciem zespołu jest nagranie płyty "Dzięki Ci Panie - Missa de Misericordia" z utworami Pawła Bębenka, krakowskiego kompozytora związanego ze środowiskiem dominikańskim. Płyta wydana została w maju 2004 roku przez Edycję Świętego Pawła Ojców Paulistów z Częstochowy. Na swoim koncie zespół ma już dwie samodzielne płyty – Alfa i Omega, opowiadającą historię całego roku liturgicznego, od Zwiastowania do Zesłania Ducha Świętego oraz Inviolatę, w całości poświęconą życiu Najświętszej Maryi Panny. W roku 2009 z okazji wielkiego jubileusz Zakonu Bonifratrów, zespół wraz z lutnistą Antonim Pilchem z Dworu na Wysokiej nagrał płytę „Żywot św. Jana Bożego pieśnią i modlitwą spisany”. Również w roku 2009 nakładem Dominikańskiego Ośrodka Liturgicznego ukazała się płyta „Gdy się rodzi Zbawca świata”, z kolędami Pawła Bębenka w wykonaniu Perfugium.

Zespół zajmował czołowe miejsca w ogólnopolskich konkursach chóralnych. Zajął II miejsce w kategorii „chóry kameralne” podczas XIV Konkursu Kolęd i Pastorałek w Myślenicach, zdobył „Złota Strunę” w konkursie w Niepołomicach oraz otrzymał wyróżnienie podczas IV edycji konkursu „Cantate Domino”, organizowanego przez Akademię Muzyczną w Krakowie.

Fascynacja Muzyką Dawną zrodziła też zainteresowanie zespołu pieśniami świeckimi doby Renesansu, zarówno polskimi, jak i obcej proweniencji (Francja, Anglia, Niemcy, Hiszpania), które Perfugium wykonuje podczas wszelkiego rodzaju spotkań towarzyskich i imprez kulturalnych oraz jako samodzielny program koncertowy „Kraków – pępek świata”.

Od początku istnienia Perfugium, kierownikiem artystycznym jest gambista Mateusz Kowalski, wieloletni członek wokalnej grupy "Bractwo Lutni", Zespołu Instrumentów Dawnych z Zamku Królewskiego na Wawelu "Floripari" oraz międzynarodowego zespołu „Ensemble Barocum”.